임질은 그 증상이 없거나 경미하더라도 제대로 치료하지 않으면 무서운 합병증을 만들 수 있다.

여성에서는 감염이 자궁과 난관, 난소까지 진행하여 골반염(PID)을 일으키며 골반에 섬유화를 일으켜 불임을 초래할 수 있다. 또한 여성에서는 월경불순, 자궁내막염, 습관성 자연유산, 자궁경부염, 질주위염, 방광염 등을 일으킬 수 있다.

임신중의 임질감염은 태아에게 영향을 줄 수 있으며 그 영향으로 태아에서 뇌수막염이 생기거나 눈에 감염을 일으켜 실명을 일으킬 수 있다. 또한 임신중의 감염은 조산, 조기양막파열, 유산이나 사산의 위험도 증가한다고 알려져 있다.

남성에서는 임질균은 부고환(고환의 옆에 붙어있어 정자의 이동을 도와주는 기관)까지 퍼져서 부고환염을 일으킬 수 있다. 부고환염으로 진행하면 음낭과 고환부위가 부으면서 통증이 생긴다. 여성의 골반염과 마찬가지로 남성의 부고환염 역시 섬유화가 일어나서 남성불임을 초래할 수 있다. 또한 임질은 요도협착, 요도주위염, 전립선염 등을 일으킬 수 있으며 심한 경우 혈액을 따라 전신에 퍼지는 패혈증을 일으킬 수도 있다.

남성과 여성 모두에서 임질균은 인두, 눈, 심장, 뇌, 피부 관절등에 퍼질 수 있으나 비뇨생식기 감염보다는 흔치 않다.

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