일반적으로 판매되고 있는 지도나 구글 어스에까지 실렸을 뿐만 아니라, 존재를 숨길 수 없을 만큼 광대하고, 그 존재가 세계적으로 유명하게 되어 버렸음에도 불구하고, 미국 정부 및 미군은 51구역의 존재를 분명히 인정하지 않고, 공식으로 부정도 하고 있지 않다. 미국 정부가 작성한 지도에도 51구역은 일절 표시되지 않았다.

51구역에 대해 미국 정부 및 미군에 있어서 중요하면서도 극비로 해야 할 일을 하고 있는 것은 명백하고, 실제로 '무단 침입 시 발포함', '촬영 금지' 등의 경고 간판이 주변에 많이 존재한다. 실제로 근처를 배회하거나 촬영을 하고 있으면, 곧바로 경비원이 와 경고할 만큼 엄중하게 출입이 금지되어 있다. 　

회의주의자들이 설명하는 51구역의 정체 중 대표적인 것으로는 유해 물질의 불법적 폐기장이라는 설이 존재한다. 51기지에 근무했던 노동자들과 그 가족들이 위험 폐기물을 처리하다 상해를 입거나 사망했다는 이유로 정부 상대로 소송을 제기했기 때문이다. 미국 정부는 국가 안보를 이유로 이런 소송을 무시하고 있다.

2013년 CIA가 이 구역의 존재를 인정하는 보고서를 발표했다. (기사참조)

고공정찰기 U-2의 시험장이었다고;;