마리포사 기지는 전쟁 이전에 FEV 바이러스의 연구가 진행됐던 미군 기지입니다. 전후, 이 시설은 마스터(the Master) 가 점거하여 자신의 슈퍼 뮤턴트 군대를 만드는데 사용되었습니다. 마스터가 패배하면서 기지는 파괴되었고, 엔클레이브에 의해서 발굴되었지만 노예들의 반란 이후 또다시 폐쇄되었습니다.