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세균(細菌) 또는 박테리아(bacteria)는 생물을 구분하는 가장 큰 분류인 세균역에 속하는 생물을 부르는 말이다. 세포소기관을 가지지 않은 대부분의 원핵생물이 여기에 속한다.
박테리아라는 이름은 바실러스 박테리아의 모양을 보고 만든 '작은 막대기'라는 뜻의 고대 그리스어 박테리온(그리스어: baktērion)에 비롯되었다.
세포벽은 펩티도글리칸 구조이며 세포벽의 형태에 따라 그람염색 양성세균과 그람 음성세균으로 구분한다.
일반인들이 잘 구분 못하는 바이러스와는 매우 다른 구조를 가지고 있다.
크게는 세균염색법인 gram stain 후 보이는 모양에 따라 그람양성과 음성으로 나눈다.
gram stain 은 덴마크의 미생물학자인 한스 크리스티안 요아힘 그람(Hans Christian Joachim Gram)이 개발한 세균 염색법이다. 이 염색법을 통해 세균의 세포벽의 펩티도글리칸 두께에 따라 세균을 분류한다.
세균에 대항하기 위한 항생제들 중에는 세균의 세포벽을 공격하는 약제들도 있기 때문에 그람염색에 따른 분류가 의미가 있다.