항생물질 기타 화학요법제를 다량 투여할 경우 병소 부위의 감수균이 죽는 반면 이들 약제에 감수성이 있는 다른 부위의 상재균에도 감소나 소멸이 발생하여 그결과로 다른 세균의 이상증식이 일어난다. 이것을 균교대증이라고 한다. 구균 감염치료 후에 진균 감염이 일어나는 경우가 이것이다.

1. 구내염과 같은 입안의 염증
2. 설사나 변비와 같은 대장 이상 증세
3. 여성의 경우 질 칸디다증

여성의 외음부와 질에 염증을 일으키는 근본 원인은 정상적으로 질 내에 존재하는 세균총의 변화(균 교대현상)와 이에 따른 혐기성 세균의 과도한 증식으로 설명하는데, 이런 균 교대현상을 유발하는 인자로는 과도한 성관계나 ‘뒷물’이라고 하는 질 세척, 몸에 꼭 끼는 속옷의 착용 등이 있다. 또 비데나 질 세척기구의 사용은 용변 후 위생처리에는 효과가 있지만 질 내의 균 교대현상을 유발할 수 있어 신중을 기해야 한다. 일단 질 내의 균 교대현상이 일어나면 정상 세균총으로의 회복이 매우 어려워 대다수의 질염이 깨끗이 치료되지 않고 자주 재발하게 된다.